Необходимость создания открытой православной богословской школы для просветительско-образовательной деятельности среди широких слоев населения стала особенно ощутимой в годы начавшейся перестройки, когда смена социальных ориентиров привела к тому, что в Церковь пришло много новых людей. ББИ продолжает традицию открытого богословского образования, заложенную протоиереем Александром Менем.
Отец Александр Мень, замечательный пастырь и проповедник, занимался активной христианско-просветительской деятельностью и катехизацией новообращенных. Книги отца Александра, богослова и талантливого писателя, выходившие сначала за рубежом, а потом и в России, всегда пользовались огромной популярностью. Как только это стало возможным, он начал читать публичные лекции по библеистике, истории религиозного пути человечества и церкви, религиозной философии и богословию. Залы домов культуры и академических институтов, учебные аудитории ВУЗов, в которых проходили лекции, всегда были переполнены.
История ББИ началась с Воскресного Православного Университета, основанного о. Александром (с 1991 года — Общедоступный православный университет). Первый учебный год начался 8 сентября 1990 года с лекции «Христианство», прочитанной отцом Александром. На следующий день, в воскресенье, он был убит по дороге к своему храму.
Продолжать начатое дело и воплощать замыслы в жизнь пришлось его ученикам. За пять лет был разработан цикл учебных программ, и в 1995 году был зарегистрирован ББИ — учебное заведение, готовящее специалистов с высшим образованием в области богословия и религиоведения. В 1997 году наш институт получил государственную лицензию. ББИ был первым среди московских ВУЗов, получившим в декабре 2002 года государственную аккредитацию по специальности «теология».
В 2007 году государственная аккредитация была подтверждена. В 2012 году состоялся последний выпуск по программе высшего образования.
С 2013 года ББИ перешел на систему дополнительного профессионального образования, получив новую государственную лицензию.