Родился в 1931 г. в селе Катафийон на севере Греции. Закончил богословский факультет Афинского университета и Экуменический институт Боссэ (Швейцария), учился в докторантуре Гарвардского университета (США), где был членом Центра византийских исследований. Там познакомился с прот. Георгием Флоровским, который стал для него одним из главных учителей. В Гарварде защитил докторскую диссертацию по теме «Христология преп. Максима Исповедника». Затем в Афинском университете защитил ещё одну диссертацию «Единство Церкви в Божественной Евхаристии и епископе в первые три века» (1965).

Преподавал догматическое богословие в Эдинбургском университете, систематическое богословие в университете Глазго (Великобритания), в качестве почетного профессора преподавал в папском Григорианском университете в Риме и в Женевском университете, почетный профессор Лондонского Королевского колледжа, постоянный член Афинской академии наук.

Несколько лет исполнял обязанности секретаря отделения «Вера и церковное устройство» Всемирного совета церквей, руководил представительством Вселенской Патриархии в Афинах, был членом Священного Синода Константинопольской Церкви. В последние годы состоял в Смешанной комиссии по богословскому диалогу между Православной и Римско-Католической Церковью, был советником Вселенской Патриархии и председателем Межправославной комиссии по защите окружающей среды. 

Иоанн Зизиулас участвовал в конференциях, организованных ББИ, его статьи печатали в журнале «Страницы». В  2012 г. в Издательстве ББИ вышла дна из ключевых работ Зизиуласа «Общение и инаковость. Новые очерки о личности и церкви». (Серия «Современное богословие»).